Dada la gravedad de la sepsis del recién nacido, se han buscado formas de disminuir su incidencia. Así, los pediatras, asignan un grado de riesgo a cada bebé que nace. Consideran que un recién nacido es de "riesgo" cuando tiene uno de los siguiente factores de riesgo de infección:
 

• cuando es pretérmino
• cuando la madre estuvo más de 24 horas con la bolsa rota en el parto,
• cuando la madre tuvo fiebre en el parto
• cuando la madre había tenido otro hijo anteriormente con infección
• cuando la madre tenía factores de riesgo y no recibió antibiótico con antelación de más de 2 horas.

En estos casos "de riesgo" los pediatras hacen un seguimiento exhaustivo al recién nacido durante las primeras 12 horas, mirando cada hora o cada dos horas el estado general, el movimiento del pecho en las respiraciones, el aleteo nasal, la piel para confirmar que existe buena perfusión, la forma de mamar, el tono muscular, la temperatura, la frecuencia cardiaca y la frecuencia respiratoria. Los pediatras tienen criterios para seleccionar casos de "alto grado de riesgo"; a efectos de entender fácilmente estos criterios, aunque no es exacto, podemos considerar que consideran alto grado de riesgo los casos en que existen, no solo uno, sino dos de los anteriores factores. En estos casos toman muestras para cultivo del germen en distintos sitios (sangre, piel, ombligo, oidos) y mientras aparecen los resultados, comienzan la administración de antibióticos.

Por su parte, el ginecólogo tambien ha pasado a tener un papel en la reducción de esta grave enfermedad. La Sociedad Española de Ginecología y Obstetricia, recomienda un protocolo de detección consistente en lo siguiente:

1. todas las mujeres embarazadas cuando les queda un mes para la fecha probable de parto, se hacen una toma de exudado de flujo vaginal; algunos ginecólogos, en un ánimo de abarcar más casos, hacen la toma también en el recto y algunos, incluso, hacen una toma previa a la mitad del embarazo;
2. este exudado de flujo vaginal se envía al laboratorio, donde se cultiva y se observa si ha habido crecimiento del Estreptococo Agalactiae; si se hicieron varias tomas, se considera positivo con una sóla en la que el resultado fuera positivo.
3. si no creció nada, no se hace nada; si crecieron otros gérmenes, no suele hacer falta tampoco hacer nada; si crecieron hongos, en la siguiente visita se le preguntará a la mujer si tiene picor en la vagina y, si lo tiene, se administrará una dosis vaginal de antifúngico.
4. si crece Estreptococo Agalactiae, esa mujer cuando esté de parto (contracciones regulares y dilatación de más de 3 cm) comenzrá a recibir una dosis de antibiótico intravenoso cada 4 o 6 horas, hasta el nacimiento del bebé.

Este protocolo de screening generalizado se realiza en España, al seguirse la pauta utilizada en Estados Unidos y Canadá. Sin embargo no se realiza en la mayoría de los países del norte de Europa. ¿Por qué?. Porque en los países del norte de Europa se tiende a hacer lo que se llama medicina basada en la evidencia; la medicina basada en la evidencia significa que sólo se ha de hacer algo si claramente se demuestra que es beneficioso. En Europa del Norte, a diferencia de Estados Unidos, está muy arraigado en medicina el principio de que si algún tratamiento no es claramente beneficioso, entonces puede ser perjudicial. Este es el principio básico de la medicina basada en la evidencia que, en realidad, coincide con el famoso principio de Hipócrates. Hipócrates fue un médico de la antigua Grecia, a quien se considera el padre de la medicina. Pues bien, el principio de Hipócrates decía: "Primum non nocere", que quiere decir, "lo primero no hacer daño".

La cuestión es que la aplicación de este protocolo de screening universal del Estreptococo sí ha demostrado que es útil para que haya menos sepsis neonatales precoces. Pero ha demostrado que no consigue cambiar la incidencia de sepsis tardías. Y también está demostrado que no disminuye las secuelas de estas sepsis ni disminuye el número de bebés que mueren por culpa de estas sepsis. En conclusión: haciéndolo hay menos sepsis, pero las que hay son más graves y al final mueren el mismo número de bebés por culpa de la misma. Realmente no se ha inventado aún un protocolo adecuado que de verdad sea útil en la disminución de las secuelas de las sepsis neonatales. En el Reino Unido, por ejemplo, este cultivo para estreptococo sólo se hace cuando una mujer tiene factores de riesgo, de los cuales el principal es haber roto la bolsa antes del parto. Cuando rompe la bolsa se toma muestra vaginal para cultivo, y si pasan más de 24 horas con la bolsa rota y el cultivo ha resultado positivo se comianza la administración de antibiótico intravenoso hasta el nacimiento; otros factores de riesgo de la madre son los antecedentes de otros hijos que padecieran sepsis o neumonía al nacer.

En resúmen, lo que dice la investigación científica al respecto es lo siguiente:

• La profilaxis antibiótica para el streptococo disminuye el número de sepsis pero lo hace a costa de aumentar el número de sepsis por gérmenes resistentes.
• La profilaxis antibiótica evita sepsis precoces pero mantiene o aumenta la incidencia de sepsis tardías.
• La profilaxis antibiótica intravenosa no reduce el número de muertes neonatales por sepsis. 
• La profilaxis vaginal con clorhexidina reduce la colonización vaginal pero no reduce el número de infecciones neonatales.
  
• El 82% de las sepsis por streptococo ocurren en casos de madre no portadora.
• Hay indicios de que la lactancia materna protege de la sepsis neonatal. 

Esta falta de efectividad de este protocolo se debe posiblemente a varios factores: primero, al administrar antibiótico a tal cantidad de mujeres (una de cada cuatro), los gérmenes en la población van haciéndose cada vez más resistentes a los antibióticos; segundo, hay sepsis por otros gérmenes, no solo por Estreptococo Agalactiale; al tratar con antibioticos didrigidos a este germen, aparece una mayor incidencia de sepsis por Escherichia Coli, por ejemplo.

Pero además, en España o Estados Unidos, al aplicar este protocolo, se está administrando antibiótico en el parto a una de cada 4 mujeres. Y no es completamente inocuo. Trabajos de investigación del departamento de Bromatología de la Universidad Complutense de Madrid están demostrando que la administración de antibiótico durante el parto es un factor predisponente a mastitis del pezón; es lógico: al eliminar gérmenes del cuerpo de la mujer con un antibiótico, se desestabiliza la flora protectora y crecen más gérmenes patógenos. Además, la administración de un antibiótico intravenoso es un factor más que en los hospitales contribuye a la inmovilización de la mujer de parto y a la medicalización del proceso.

Hay medidas de prevención sencillas, de sentido común y que todo profesional debería aplicar, como:

1. Minimizar el número de tactos vaginales en los partos, especialmente cuando la bolsa ya está rota
2. Favorecer al máximo la lactancia materna, fuente fabulosa de anticuerpos defensores, precisamente, contra los gérmenes que la madre pueda llevar
3. Disminuir al máximo el grado de estrés del recién nacido; el estrés es uno de los principales inhibidores del sisteme inmunológico
4. Favorecer que los primeros gérmenes que el recién nacido tome por la boca sean procedentes de la madre; el aparato digestivo es mucho más difícil de traspasar para los gérmenes en su "intento" de llegar a la sangre, y el aparato digestivo está plagado de células del sistema inmunológico que preparan la defensa. Es importante en los recién nacidos que puedan formar adecuadamente su flora intestinal. Antiguamente se creía que había que proteger a lor recién nacidos de todo tipo de gérmenes; hoy se sabe que se debe favorecer que los recién nacidos, mediante la lactancia y el contacto piel con piel, adquieran cuanto antes, los gérmenes que van a formar su flora intestinal y que deben proceder de la piel de la madre, quien en el embarazo y en la lactancia, ha proporcionado al bebé los anticuerpos exactos que necesita para esos gérmenes; son gérmenes amigos que protegen de los enemigos. Hay entornos para el parto donde estos factores se cuidan al máximo, por ejemplo, la asistencia al parto en casa. En este tipo de entornos para el parto, la probabilidad de sepsis neonatal es mucho más rara que en los hospitales.

Hay también "tratamientos naturales" pero a decir verdad no han demostrado su utilidad. Por ejemplo, administrar un ajo intravaginal; el ajo tiene propiedades antibacterianas; la forma de usarlo consiste en atar el ajo con un hilo (para poder sacarlo después) y mantenerlo 24 horas dentro de la vagina; debe dejarse con la piel pues de lo contrario puede ser irritante. Con el ajo no se han realizado estudios de investigación; pero hay que decir que si se han realizado con una pauta del antiséptico clorhexidina (un antiséptico que se puede aplicar en la vagina justo antes del nacimiento) y el resultado es que aparentemente elimina los estreptococos de la vagina pero no es útil para disminuir el número de sepsis.